После смерти Сарутоби Хирузена - Третьего Хокаге, Листом в первое время правит Совет старейшин, после чего правление переходит к Цунаде. Наруто и Джирайя, после трехлетнего отсутствия, возвращаются в селение. На протяжении нескольких месяцев ситуация в деревне остается стабильной и спокойной. "Корень" действует в тайне ото всех, следуя собственным целям. В мае 999 года, группа неизвестных, проникнув в Коноху, выходит на Узумаки Наруто, с целью его захвата и активации Девятихвостого прямо в центре селения. Фальшивые улики, подброшенные преступниками, указывают на причастность Киригакуре. В ходе расследования, с участием Кисараги Сецуны, Узумаки Наруто и Хьюга Хинаты, удаётся узнать, что особая конфигурация клинков, принадлежащих арестованным, использовалась не только в Кири, но и в Сора но Куни.
Подробности>>

Суной правит Сабаку но Гаара. Жители и совет разделились на два лагеря, ходят волнения, по поводу нового Каге с темным прошлым. Селение постепенно налаживает политические отношения с Листом. Недавно, кто-то совершил диверсию на водонапорной станции, вывел ее из строя, дабы лишить деревню воды. С какой целью это было сделано, пока неизвестно. Оказавшиеся в селении и остановившиеся на ночлег, Наруто и Хината, не могут бросить друга в беде. Они подключаются к спасению Суны и расследованию произошедшего.

Туманом правит Мэй Теруми. Селение постепенно оживает после кровавого периода и старается очистить свое имя. Живы некоторые представители клана Мурамаса, в виду чего возможны изменения во внутренней и внешней политике Мизу но куни. Хатаке Какаши и Узумаки Наруто расследуют исчезновение научно-исследовательского судна страны Огня близ одного из островов Воды, но на начальном этапе сталкиваются в порту Кири с кланом Мурамаса, устроившем нападение на деревню. Итогом битвы является отступление клана и смерть его главы от руки сына. Изгнанник, стертый со страниц истории Киригакуре, но помешавший нападению своих сородичей на Мизукаге, попадает в отдел дознания, где раскроет свои тайны. Коноховцы отправляются в страну Неба для дальнейших поисков.